จากการปฎิรูประบบราชการ ตามพระราชบัญญัติปรับปรุงกระทรวง ทบวง กรม พ.ศ. 2545 ซึ่งมีผลบังคับใช้เมื่อวันที่ 3 ตุลาคม 2545 และกฎหมายอื่นที่เกี่ยวข้องเป็นลําดับ ได้แก่ พระราชกฤษฎีการโอนกิจการบริหาร และอํานาจหน้าที่ของส่วนราชการให้เป็นไปตามพระราชบัญญัติปรับปรุงกระทรวง ทบวงกรม พ.ศ.2545 และพระราชกฤษฎีการแก้ไขบทบัญญัติให้สอดคล้องกับการโอนอํานาจหน้าที่ของส่วนราชการให้เป็นไปตามพระราชบัญญัติปรับปรุงกระทรวง ทบวง กรม พ.ศ.2545 ตลอดจนกฎกระทรวงแบ่งส่วนราชการสํานักปลัดกระทรวง ทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม พ.ศ. 2545 สํานักงานสิ่งแวดล้อมภาคที่ 1-16 เป็นราชการบริหารส่วนกลางที่ตั้งอยู่ในภูมิภาคและเป็นส่วนราชการระดับกอง ซึ่งเป็นการโอนกิจการบริหาร และอํานาจหน้าที่ของสํานักงานสิ่งแวดล้อมภาคที่ 1-12 สังกัด สํานักงานโนบายและแผนสิ่งแวดล้อม กระทรวงวิทยาศาสตร์เทคโนโลยีและสิ่งแวดล้อม และของศูนย์อนามัยสิ่งแวดล้อมเขต 1-12 ยกเว้น กลุ่มงานสุขาภิบาลอาหาร (กลุ่มงานอาชีวอนามัย และกลุ่มงานจัดหาน้ําสะอาด) กรมอนามัย กระทรวงสาธารณสุข จัดตั้งเป็นสํานักงานสิ่งแวดล้อมภาคที่ 1-16 ซึ่งเป็นการจัดแบ่งพื้นที่รับผิดชอบตามลุ่มน้ำ 

              คำสั่งสำนักงานปลัดกระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม ที่ 1169/2560 ลงวันที่ 2 ตุลาคม พ.ศ. 2560 เรื่อง การกำหนดจังหวัดในพื้นที่รับผิดชอบของสำนักงานสิ่งแวดล้อมภาคที่ 1 - 16 สืบเนื่องจากรัฐบาล ได้มีการกำหนดแนวเขตพื้นที่ระดับภาค ทั้ง 6 ภาค ในการพัฒนาประเทศระดับพื้นที่ภูมิภาคในมิติต่าง ๆ ทั้งด้านเศรษฐกิจ การค้า การลงทุน ภายในประเทศและประเทศเพื่อนบ้าน และให้สอดคล้องกับยุทธศาสตร์ชาติ หรือนโยบายของรัฐบาล สามารถตอบโจทย์ในการแก้ไขปัญหาความเดือดร้อนซ้ำซากของพื้นที่

             ดังนั้น เพื่อให้การปฏิบัติราชการของสำนักงานปลัดกระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม เป็นไปด้วยความเรียบร้อย มีประสิทธิภาพ และสอดคล้องกับการพัฒนาประเทศระดับพื้นที่ภูมิภาค อาศัยอำนาจตามความในมาตรา 32 แห่งพระราชบัญญัติระเบียบบริหารราชการแผ่นดิน พ.ศ. 2538 และที่แก้ไขเพิ่มเติม จึงให้กำหนดจังหวัดในพื้นที่รับผิดชอบของสำนักงานสิ่งแวดล้อมภาคที่ 1 - 16 ดังนี้