การแบ่งส่วน และฝ่ายต่าง ๆ ในสังกัดสำนักงานทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อมจังหวัดสงขลา ดังนี้
๒.๑ ส่วนอำนวยการ ประกอบด้วย
(๑) ฝ่ายบริหารงานทั่วไป มีหน้าที่รับผิดชอบเกี่ยวกับการดำเนินการตามระเบียบกฎหมายว่าด้วยงานสารบรรณ งานธุรการ งานรัฐพิธี บริหารงานบุคคล ดำเนินงานตามกฎหมายว่าด้วยการป้องกันและปราบปรามการทุจริต และงานตามกฎหมายว่าด้วยข้อมูลข่าวสารของราชการ ส่งเสริมและคุ้มครองจริยธรรม ติดตามการปฏิบัติตามประมวลจริยธรรมของข้าราชการ ควบคุม ดูแล รักษา การใช้ประโยชน์ระบบเครือข่ายคอมพิวเตอร์ ดำเนินการพัฒนาเว็บไซต์ รวมทั้งเผยแพร่ข้อมูลสารสนเทศ
(๒) ฝ่ายบริหารงานการคลัง และงบประมาณ มีหน้าที่รับผิดชอบเกี่ยวกับการเบิกจ่ายเงินงบประมาณ รายงานการใช้จ่ายงบประมาณตามระบบ ติดตามและประเมินผลโครงการ e-Project Tracking เร่งรัดการใช้จ่ายเงินงบประมาณ การกันเงินเบิกจ่ายเหลื่อมปี และการขอขยายระยะเวลาเบิกจ่ายข้ามปีงบประมาณ ดำเนินงานควบคุมภายใน ตามระเบียบคณะกรรมการตรวจเงินแผ่นดิน ตามกฎหมาย ระเบียบ มติ ครม. กฎหมายอื่นที่เกี่ยวข้อง
(3) ฝ่ายบริหารงานพัสดุ มีหน้าที่รับผิดชอบเกี่ยวกับ การบริหารงานด้านพัสดุ ดำเนินการจัดซื้อจัดจ้าง ควบคุมการใช้พลังงาน ดูแลอาคารสถานที่และสิ่งปลูกสร้าง การใช้รถราชการ ควบคุมการเบิกจ่ายวัสดุ-ครุภัณฑ์ ให้เป็นไปตามกฎหมายว่าด้วยการพัสดุ ระเบียบ มติ ครม. และกฎหมายอื่นที่เกี่ยวข้อง
๒.๒ ส่วนสิ่งแวดล้อม ประกอบด้วย
(๑) ฝ่ายส่งเสริมคุณภาพสิ่งแวดล้อม มีหน้าที่รับผิดชอบเกี่ยวกับ การจัดทำแผนปฏิบัติการเพื่อการจัดการคุณภาพสิ่งแวดล้อมในระดับจังหวัด การตรวจสอบสถานการณ์สิ่งแวดล้อมของจังหวัด บูรณาการแก้ไขปัญหาด้านสิ่งแวดล้อมร่วมกับหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้อง พัฒนาและสร้างเครือข่ายอาสาสมัครพิทักษ์ทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อมหมู่บ้าน (ทสม.) และเครือข่ายอื่น ๆ ส่งเสริมเผยแพร่ ประชาสัมพันธ์ความรู้ด้านการจัดการคุณภาพสิ่งแวดล้อม
(๒) ฝ่ายควบคุมมลพิษ มีหน้าที่รับผิดชอบเกี่ยวกับการจัดทำแผนบริหารจัดการขยะมูลฝอยและของเสียอันตรายของจังหวัด การเฝ้าระวัง ตรวจสอบ ควบคุม กำกับ ดูแลแหล่งกำเนิดมลพิษ ประสานให้คำแนะนำการควบคุมมลพิษ ดำเนินการเรื่องร้องเรียนด้านสิ่งแวดล้อม
๒.๓ ส่วนทรัพยากรธรรมชาติ ประกอบด้วย
(๑) ฝ่ายอนุญาต มีหน้าที่รับผิดชอบเกี่ยวกับ การอนุญาต ตรวจสอบ ควบคุม กำกับดูแลการอนุญาตตามกฎหมายว่าด้วยการป่าไม้ กฎหมายว่าด้วยเลื่อยโซ่ยนต์ กฎหมายว่าด้วยป่าสงวนแห่งชาติ กฎหมาย ระเบียบอื่น ๆ ที่เกี่ยวข้อง
(๒) ฝ่ายอนุรักษ์และส่งเสริม มีหน้าที่รับผิดชอบเกี่ยวกับการจัดทำแผนจัดการทรัพยากรธรรมชาติของจังหวัด ประสานแก้ไขปัญหาการบุกรุกพื้นที่ป่าและการทำลายทรัพยากรป่าไม้ในระดับจังหวัด ดำเนินโครงการจัดที่ดินทำกินให้ชุมชนตามนโยบายรัฐบาล ประสานการสำรวจการใช้ทรัพยากรธรณีในระดับจังหวัด ส่งเสริม เผยแพร่ ประชาสัมพันธ์ และสร้างเครือข่ายการมีส่วนร่วมของทุกภาคส่วนในการอนุรักษ์ทรัพยากรธรรมชาติที่เกี่ยวข้อง
๒.๔ ส่วนทรัพยากรน้ำ ประกอบด้วย
(๑) ฝ่ายน้ำผิวดิน มีภารกิจหน้าที่รับผิดชอบเกี่ยวกับ การรับคำขอสัมปทาน ต่ออายุ โอน ขยายเขตประปาสัมปทาน รวมทั้งคำขอปรับอัตราค่าน้ำหรือคำรับรองมาตรวัดน้ำ ประสานการสำรวจการใช้ประโยชน์ทรัพยากรธรณีในระดับจังหวัด ประสานและดำเนินการแก้ไขปัญหาอุทกภัย และภัยแล้ง
(๒) ฝ่ายน้ำบาดาล มีภารกิจหน้าที่รับผิดชอบเกี่ยวกับ การอนุญาต ควบคุม กำกับดูแลการประกอบกิจการน้ำบาดาลตามกฎหมายว่าด้วยน้ำบาดาล ดำเนินการเรื่องร้องเรียนด้านทรัพยากรน้ำและกฎหมายอื่นที่เกี่ยวข้อง
๒.๕ ส่วนยุทธศาสตร์ มีภารกิจหน้าที่รับผิดชอบเกี่ยวกับ การจัดทำแผนบริหารจัดการทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อมในระดับจังหวัด จัดทำยุทธศาสตร์กลุ่มจังหวัดและจังหวัด จัดทำคำขอตั้งงบประมาณประจำปี จัดทำรายงานสรุปผลการปฏิบัติงานโครงการต่าง ๆ รวมทั้งรายงานประจำปี กำกับ ติดตาม ประเมินผลตามแผนยุทธศาสตร์ แผนงานโครงการ งบประมาณ ดำเนินการเกี่ยวกับการพัฒนาระบบสารสนเทศด้านทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม